Todos os managers de Top Eleven participam da Copa, independentemente do desempenho e dos resultados na temporada anterior. A Copa é formada por 64 clubes e começa no primeiro dia de toda nova temporada. A competição começa em um sistema em que os managers se enfrentam em jogos de ida e volta (em casa e como visitante) contra um adversário escolhido aleatoriamente dentre os times participantes. A final da Copa é disputada em campo neutro, então nenhum dos times terá um bônus de posse por jogar em casa. O time com mais gols ao final das duas partidas de ida e de volta avança para a próxima rodada da competição. Se ambos os times tiverem marcado o mesmo número de gol até o final da segunda partida, eles jogam uma prorrogação, seguida por uma disputa de pênaltis se houver necessidade.